C'est la guerre de 1812 avec les États-Unis qui allait troubler, pour la première fois, le cours de l'histoire canadienne au XIXe siècle. Semblable en cela à bien d'autres, elle compterait peu d'opérations décisives, encore que le commerce des deux nations ait été, grâce à elle, jeté dans la confusion et l'incertitude. Pour les Britanniques, les combats qui se déroulaient en Amérique du Nord faisaient figure d'escarmouches sur les flancs du théâtre des opérations qui retenaient principalement leur attention, soit l'Europe où ils avaient à lutter contre Napoléon. Le Canada, en l'occurrence, dut attendre son salut de l'intervention de la Marine royale, dont la meilleure partie était occupée à bloquer l'Europe, ou de l'envoi de troupes suffisamment nombreuses; difficiles à distraire des champs de bataille d'outre-Atlantique. Navires, soldats, ravitaillement naval, après s'être longtemps fait attendre, finirent par arriver. Il n'était que temps. Les marins, s'étaient rendus dans l'intérieur du pays, y construisirent sur les Grands Lacs ou dans le bassin du lac Champlain, les canonnières, avisos et transports sur lesquels allaient essentiellement reposer la conduite des opérations. Il n'était plus question de navigation de commerce sur les Grands Lacs. Quant à l'armement maritime sur l'Atlantique, il avait à y subir le contrecoup du blocus ou de la course.
Et pourtant allait naître de tout cela une manière d'épiphénomène qui aurait sur l'administration des navires de l'État, pour les années à venir, un effet certain, en l'espèce, l'apparition de ce qu'on appelait la Marine provinciale. Il s'agissait d'une force para-navale ou militaire naviguant sur les Grands Lacs, les eaux du lac Champlain et le Saint-Laurent et créée par les Anglais au siècle précédent. Les équipages et soldats canadiens, embarqués pour que chaque campagne annuelle, étaient encadrés par des officiers ou des maîtres dont certains, Anglais ou Français, avaient servi dans la Marine de Sa Majesté et connaîtraient toutes sortes d'aventures au cours de la guerre de 1812. Quant aux unités elles-mêmes elles étaient petites, surtout conçues pour le transport des hommes ou du ravitaillement, mais peu appropriées aux grandes opérations. La Marine provinciale, un peu négligée après la Guerre de l'Indépendance, avait été réorganisée par les soins du département du Quartier Maître général de l'Armée, dès que la guerre de 1812 parût inévitable.
En 1813, au moment de l'arrivée d'importants renforts navals dans les Grands Lacs, détachés de la flotte britannique principale, la Marine provinciale fut mise directement aux ordres du Commodore, commandant les forces navales dans ces eaux, sir James Lucas Yeo, et assimilée, à toutes fins pratiques, à la flotte régulière sous forme, en quelque sorte, de réserve navale mobilisée. À la fin de la guerre avec les États-Unis, ceux-ci, comme l'Angleterre, jugèrent fort sagement, qu'il serait absurde de s'engager dans une course aux armements navals. Par un échange de notes diplomatiques--- on parlerait plus tard de la Convention Rush-Bagot ---ils convinrent de limiter leurs flottes sur les Grands Lacs à quelques navires dispersés « ...de pas plus de cent tonneaux et armés tout au plus d'une pièce de dix-huit livres ».
Pourtant, pendant bien des années encore après la guerre de 1812, qui avait eu de profondes répercussions sur la vie des premiers colons de part et d'autres de la frontière, on resta préoccupés de l'état de cette frontière sans défense, jugée aujourd'hui si naturelle. Cela étant, la Marine provinciale, qui ne disparut jamais tout à fait, devint l'élément embarqué de la Milice canadienne. La loi de la Milice de 1855 disposait que ces compagnies de Marine seraient instruites « ...non seulement aux maniements des armes portatives qu'au service des canonnières ou bâtiment ou des grosses pièces des navires ».
Mais à cette époque la Marine provinciale n'avait à peu près pas de navires armés exprès pour elle. Elle pouvait cependant disposer de quelques vieilles canonnières mises en réserve, où elle embarqua plus tard ses propres canonniers, à moins qu'elle ne se contentât de réquisitionner des vapeurs sur place pour assurer la défense contre les Féniens. Bien qu'il n'existât aucun rapport direct entre la Marine provinciale--- aux ordres de la Milice, --- et les navires utilisés par d'autres départements à des fins purement civiles, on avait fini par créer une véritable tradition, déjà ancienne, de service dans des bâtiments de l'État où régnait une discipline analogue à celle qui régnait dans la marine de guerre. L'existence à bord des vedettes garde-pêche du ministère de la Marine et des Pêcheries --- où les équipages ne passaient que le temps d'une campagne, --- allait se trouver, du reste, marquée par cette tradition. Il fut possible, grâce à ces navires, de former des marins de carrière à la police des règlements. D'autre part, on y voyait tout des au moins avant l'adoption, en 1910, de la Loi de service naval, un moyen commode de constituer un embryon de réserve navale dans notre pays.